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在測(cè)序文庫的構(gòu)建方法,單端測(cè)序和雙端測(cè)序區(qū)別還是有的

更新時(shí)間:2021-12-10      點(diǎn)擊次數(shù):897
   Roche 454,Solexa和ABI SOLID均有單端測(cè)序和雙端測(cè)序兩種方式。在基因組De Novo測(cè)序過程中,Roche454的單端測(cè)序讀長(zhǎng)可以達(dá)到400p,經(jīng)常用于基因組骨架的組裝,而Solexa和ABI SOLID雙端測(cè)序可以用于組裝scaffolds和填補(bǔ)gap。以solexa為例,單端測(cè)序(Single-ead)和雙端測(cè)序(Paied-end及Mate-pai)還是有區(qū)別的。

  Single-ead、Paied-end和Mate-pai主要區(qū)別在測(cè)序文庫的構(gòu)建方法上。

  1、Single-ead單端測(cè)序首先將DNA樣本進(jìn)行片段化處理形成200-500p的片段,引物序列連接到DNA片段的一端,然后末端加上接頭,將片段固定在flowcell上生成DNA簇,上機(jī)測(cè)序單端讀取序列。
  2、Paied-end單端測(cè)序方法是指在構(gòu)建待測(cè)DNA文庫時(shí)在兩端的接頭上都加上測(cè)序引物結(jié)合位點(diǎn),在第一輪測(cè)序完成后,去除第一輪測(cè)序的模板鏈,用對(duì)讀測(cè)序模塊(Paied-End Module)引導(dǎo)互補(bǔ)鏈在原位置再生和擴(kuò)增,以達(dá)到第二輪測(cè)序所用的模板量,進(jìn)行第二輪互補(bǔ)鏈的合成測(cè)序。
  3、Mate-pai雙端測(cè)序文庫制備旨在生成一些短的DNA片段,這些片段包含基因組中較大跨度(2-10k)片段兩端的序列,更具體地說:首先將基因組DNA隨機(jī)打斷到特定大?。?-10k范圍可選);然后經(jīng)末端修復(fù),生物素標(biāo)記和環(huán)化等實(shí)驗(yàn)步驟后,再把環(huán)化后的DNA分子打斷成400-600p的片段并通過帶有鏈親和霉素的磁珠把那些帶有生物素標(biāo)記的片段捕獲。這些捕獲的片段再經(jīng)末端修飾和加上特定接頭后建成mate-pai文庫,然后上機(jī)測(cè)序。
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